Gut microbes eat our medication

Date: June 13, 2019 Source: Harvard University Summary: Researchers have discovered one of the first concrete examples of how the microbiome can interfere with a drug's intended path through the body. Focusing on levodopa (L-dopa), the primary treatment for Parkinson's disease, they identified which bacteria out of the trillions of species is responsible for degrading the drug and how to stop this microbial interference.

son's disease, they identified which bacteria out of the trillions of species is responsible for degrading the drug and how to stop this microbial interference.

Pills illustration (stock image).

Credit: © georgejmclittle / Adobe Stock

The first time Vayu Maini Rekdal manipulated microbes, he made a decent sourdough bread. At the time, young Maini Rekdal, and most people who head to the kitchen to whip up a salad dressing, pop popcorn, ferment vegetables, or caramelize onions, did not consider the crucial chemical reactions behind these concoctions.

Even more crucial are the reactions that happen after the plates are clean. When a slice of sourdough travels through the digestive system, the trillions of microbes that live in our gut help the body break down that bread to absorb the nutrients. Since the human body cannot digest certain substances -- all-important fiber, for example -- microbes step up to perform chemistry no human can.

"But this kind of microbial metabolism can also be detrimental," said Maini Rekdal, a graduate student in the lab of Professor Emily Balskus and first-author on their new study published in Science. According to Maini Rekdal, gut microbes can chew up medications, too, often with hazardous side effects. "Maybe the drug is not going to reach its target in the body, maybe it's going to be toxic all of a sudden, maybe it's going to be less helpful," Maini Rekdal said.

In their study, Balskus, Maini Rekdal, and their collaborators at the University of California San Francisco, describe one of the first concrete examples of how the microbiome can interfere with a drug's intended path through the body. Focusing on levodopa (L-dopa), the primary treatment for Parkinson's disease, they identified which bacteria are responsible for degrading the drug and how to stop this microbial interference.

Parkinson's disease attacks nerve cells in the brain that produce dopamine, without which the body can suffer tremors, muscle rigidity, and problems with balance and coordination. L-dopa delivers dopamine to the brain to relieve symptoms. But only about 1 to 5% of the drug actually reaches the brain.

This number -- and the drug's efficacy -- varies widely from patient to patient. Since the introduction of L-dopa in the late 1960s, researchers have known that the body's enzymes (tools that perform necessary chemistry) can break down L-dopa in the gut, preventing the drug from reaching the brain. So, the pharmaceutical industry introduced a new drug, carbidopa, to block unwanted L-dopa metabolism. Taken together, the treatment seemed to work.

"Even so," Maini Rekdal said, "there's a lot of metabolism that's unexplained, and it's very variable between people." That variance is a problem: Not only is the drug less effective for some patients, but when L-dopa is transformed into dopamine outside the brain, the compound can cause side effects, including severe gastrointestinal distress and cardiac arrhythmias. If less of the drug reaches the brain, patients are often given more to manage their symptoms, potentially exacerbating these side effects.

Maini Rekdal suspected microbes might be behind the L-dopa disappearance. Since previous research showed that antibiotics improve a patient's response to L-dopa, scientists speculated that bacteria might be to blame. Still, no one identified which bacterial species might be culpable or how and why they eat the drug.

So, the Balskus team launched an investigation. The unusual chemistry -- L-dopa to dopamine -- was their first clue.

Few bacterial enzymes can perform this conversion. But, a good number bind to tyrosine -- an amino acid similar to L-dopa. And one, from a food microbe often found in milk and pickles (Lactobacillus brevis), can accept both tyrosine and L-dopa.

Using the Human Microbiome Project as a reference, Maini Rekdal and his team hunted through bacterial DNA to identify which gut microbes had genes to encode a similar enzyme. Several fit their criteria; but only one strain, Enterococcus faecalis (E. faecalis), ate all the L-dopa, every time.

With this discovery, the team provided the first strong evidence connecting E. faecalis and the bacteria's enzyme (PLP-dependent tyrosine decarboxylase or TyrDC) to L-dopa metabolism.

And yet, a human enzyme can and does convert L-dopa to dopamine in the gut, the same reaction carbidopa is designed to stop. Then why, the team wondered, does the E. faecalis enzyme escape carbidopa's reach?

Even though the human and bacterial enzymes perform the exact same chemical reaction, the bacterial one looks just a little different. Maini Rekdal speculated that carbidopa may not be able to penetrate the microbial cells or the slight structural variance could prevent the drug from interacting with the bacterial enzyme. If true, other host-targeted treatments may be just as ineffective as carbidopa against similar microbial machinations.

But the cause may not matter. Balskus and her team already discovered a molecule capable of inhibiting the bacterial enzyme.

"The molecule turns off this unwanted bacterial metabolism without killing the bacteria; it's just targeting a non-essential enzyme," Maini Rekdal said. This and similar compounds could provide a starting place for the development of new drugs to improve L-dopa therapy for Parkinson's patients.

The team might have stopped there. But instead, they pushed further to unravel a second step in the microbial metabolism of L-dopa. After E. faecalis converts the drug into dopamine, a second organism converts dopamine into another compound, meta-tyramine.

To find this second organism, Maini Rekdal left behind his mother dough's microbial masses to experiment with a fecal sample. He subjected its diverse microbial community to a Darwinian game, feeding dopamine to hordes of microbes to see which prospered.

Eggerthella lenta won. These bacteria consume dopamine, producing meta-tyramine as a by-product. This kind of reaction is challenging, even for chemists. "There's no way to do it on the bench top," Maini Rekdal said, "and previously no enzymes were known that did this exact reaction."

The meta-tyramine by-product may contribute to some of the noxious L-dopa side effects; more research needs to be done. But, apart from the implications for Parkinson's patients, E. lenta's novel chemistry raises more questions: Why would bacteria adapt to use dopamine, which is typically associated with the brain? What else can gut microbes do? And does this chemistry impact our health?

"All of this suggests that gut microbes may contribute to the dramatic variability that is observed in side effects and efficacy between different patients taking L-dopa," Balskus said.

But this microbial interference may not be limited to L-dopa and Parkinson's disease. Their study could shepherd additional work to discover exactly who is in our gut, what they can do, and how they can impact our health, for better or worse.

Story Source:

Materials provided by Harvard University. Original written by Caitlin McDermott-Murphy. Note: Content may be edited for style and length.

Journal Reference:

Vayu Maini Rekdal, Elizabeth N. Bess, Jordan E. Bisanz, Peter J. Turnbaugh, Emily P. Balskus. Discovery and inhibition of an interspecies gut bacterial pathway for Levodopa metabolism. Science, 2019; 364 (6445): eaau6323 DOI: 10.1126/science.aau6323

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Harvard University. "Gut microbes eat our medication." ScienceDaily. ScienceDaily, 13 June 2019. <www.sciencedaily.com/releases/2019/06/190613143629.htm>.

How hepatitis C 'ghosts' our immune system

Date: June 5, 2019

Source: Trinity College Dublin

Summary: Scientists have discovered how the highly infectious and sometimes deadly hepatitis C virus (HCV) 'ghosts' our immune system and remains undiagnosed in many people. By targeting a specific protein, scientists hope to restore effective immune responses against HCV, particularly in patients who do not respond to existing therapy.

See more at:

https://www.sciencedaily.com/releases/2019/06/190605105940.htm

Tackling challenge of antifungal resistance

Better understanding of antifungal drug resistance

Date: April 3, 2019 Source: Swansea University

Summary:

Ground-breaking work is helping develop a better understanding of the growing threat posed by antifungal drug resistance. Invasive aspergillosis is a devastating disease caused by breathing in small airborne spores of the fungus Aspergillus fumigatus and it is a condition where drug resistance has been encountered. They have just released a paper revealing how they have been able to identify a previously uncharacterized genetic mutation in clinical isolates that leads to resistance.

See moret at:

https://www.sciencedaily.com/releases/2019/04/190403122426.htm

Resenha do artigo “Perfil do uso de medicamentos durante a gravidez de puérperas internadas em um hospital do Brasil”

Autoras da resenha: Júlia Bernal dos Santos, Luiza Bernal dos Santos, Mariana Bernal dos Santos - acadêmicas de Medicina - UNITAU

Coordenador: Prof. Marcos Roberto Furlan - UNITAU

Referência do artigo:

GALATO, Dayani et al. Perfil do uso de medicamentos durante a gravidez de puérperas internadas em um hospital do Brasil. Revista Brasileira Farm. Hosp. Serv. Saúde São Paulo, São Paulo, v. 6, n. 24, p.24-29, jan./mar. 2015. Disponível em: http://www.sbrafh.org.br/rbfhss/public/artigos/2015060105000660BR.pdf. Acesso em: 27 de set 2017.

1. INTRODUÇÃO

O artigo “Perfil do uso de medicamentos durante a gravidez de puérperas internadas em um Hospital do Brasil” procura avaliar e classificar os fármacos utilizados por um grupo selecionado de puérperas, com o intuito de definir seus riscos para mãe e bebê. É um tema relevante dentro da medicina, uma vez que o potencial teratogênico de certas substâncias podem promover uma evolução desfavorável da gestação, e é de interesse dos profissionais de saúde para um bom atendimento, tratamento e acompanhamento de seus pacientes.

2. RESUMO

O artigo foi feito com os objetivos de identificar o perfil de uso de medicamentos utilizados durante a gravidez em um hospital no Brasil e identificar os medicamentos usados pelas gestantes e os seus riscos para mãe e feto.

Foram entrevistadas 244 puérperas, das quais 98,4% relataram ter utilizado ao menos um medicamento durante a gravidez, e 45,5% relataram o uso após o diagnóstico. 

O uso de medicamentos durante a gravidez é frequente, em decorrência, por exemplo, das alterações sistêmicas da própria gestação, por intercorrências obstétricas ou por doenças crônicas prévias. Portanto se observa um grande número de prescrições e de automedicação nas gestantes.

Esse estudo e estudos anteriores notaram que a prescrição de medicamentos de risco diminui após a descoberta da gravidez, apesar de aumentar a quantidade de medicamentos utilizados.

No entanto, é importante lembrar que novos fármacos são constantemente lançados no mercado e podem não ser considerados teratogênicos apenas pelo fato de não haver estudos a seu respeito até o momento.

Quanto a sua metodologia, apresenta desenho transversal, e a população selecionada foi composta por puérperas internadas no Hospital Nossa Senhora da Conceição, da cidade de Tubarão, entre outubro de 2011 a março de 2012. 

O cálculo da amostra considerou os partos realizados nesse hospital em 2010. Adotou-se como prevalência o número 93,3%, erro de 3% e intervalo de confiança de 95%, resultando em 241 puérperas. Foram utilizados alguns critérios de inclusão e de exclusão, desconsiderando do estudo mulheres menores de 18 anos e puérperas em que o filho veio a óbito. A coleta dos dados foi feita via entrevista, e a distribuição do uso de medicamentos foi feita em dois períodos: no diagnóstico de gravidez, período entre a provável data de concepção e o diagnóstico da gestação, e no pré-natal, período entre o diagnóstico e o parto.

Os medicamentos foram classificados segundo a FDA em A, B, C, D e X, e também segundo a Anatomic Therapeutic Chemical (ATC), que os divide em cinco níveis de acordo com o grupo anatômico e o fármaco propriamente dito. Foram identificados os determinantes e as demais variáveis com o teste do qui-quadrado.

Como resultados, a faixa etária das entrevistadas foi entre 18 a 46 anos, a maioria morava com o parceiro (92,6%), 69,3% tinha alguma fonte de renda, a escolaridade variou entre 0 a 17 anos, e 45,1% planejou a gravidez. Os sintomas mais prevalentes na gravidez foram pirose, náusea, lombalgia, sonolência, dor nos membros inferiores, cefaleia, anemia, infecção urinária e constipação intestinal. Os problemas crônicos de saúde mais citados foram hipertensão, anemia, asma e depressão. Obteve-se que 98,4% das puérperas usaram entre dois a treze medicamentos durante a gravidez, destacando-se que houve aumento do uso durante o pré-natal.

Os medicamentos mais comumente utilizados até o diagnóstico foram: paracetamol, dipirona e os anticoncepcionais hormonais. Durante o período do pré-natal foram mais utilizados o paracetamol, o sulfato ferroso, o ácido fólico e as vitaminas. Até o momento do diagnóstico da gravidez, 18,8% das gestantes fizeram uso de medicamentos das classes D e X, mas houve uma diminuição desse percentual para 4,5% durante o período do pré-natal. Além de medicamentos, 27% das gestantes fizeram consumo de plantas medicinais durante a gravidez, porém a maioria delas não possui informação na literatura para determinar a sua segurança, e aquelas em que havia literatura, eram contraindicadas na gestação, por estarem relacionadas à propriedades abortivas e teratogênicas, porém, por desconhecimento desses possíveis riscos, muitas mulheres fazem o uso de chás.

3. ANÁLISE

O artigo “Perfil do Uso de Medicamentos Durante a Gravidez de Puérperas Internadas em um Hospital do Brasil”, escrito por Dayani Galato e colaboradores, aborda o perfil do uso de medicamentos em puérperas antes do diagnóstico da gravidez e no período pré-natal.

A escolha da temática foi realizada de maneira assertiva, uma vez que constatou a grande quantidade de gestantes que fazem uso de diversos medicamentos e é importante estabelecer seus riscos para mãe e feto, a partir das classificações medicamentosas.

Foi feito um estudo transversal, abordando pouca quantidade de puérperas entrevistadas (244). Um adendo é a escolha do estudo transversal, que é rápido e de baixo custo por não haver seguimento, e é adequado para descrever situações de saúde, porém não apresenta relação temporal entre exposição e efeito, o que torna difícil estabelecer a relação causal. Um estudo longitudinal abordaria um número maior de gestantes ao longo do tempo, conferindo maior precisão nos resultados.

O modo de aquisição das informações foi a aplicação de um questionário sobre os medicamentos utilizados. Por ser uma entrevista, suas respostas são subjetivas, podendo não ser fidedignas e, desse modo, prejudica a confiança do estudo.

Além disso, a seleção das puérperas eliminou as menores de 18 anos e com fetos natimortos, eliminando possíveis resultados que não foram analisados, já que a morte fetal pode ter sido resultado do uso de algum medicamento.

O texto conclui corretamente que é preciso expandir os estudos a respeito da exposição das mulheres em idade fértil a medicamentos de risco. Também, mostra que o uso de plantas medicinais é intenso e elucida o fato de que não há estudos suficientes nessa área, conscientizando para a necessidade de fazê-los.

4. CONCLUSÃO

Dentro da carreira médica, frequentemente os profissionais de saúde entrarão em contato com gestantes ou mulheres em idade fértil, o que torna imprescindível conhecer a farmacologia de todos os medicamentos que forem prescrever, bem como o ponderamento sobre seus benefícios e danos, em especial atenção a casos de automedicação e uso de plantas medicinais. O artigo é um prenúncio da necessidade de realizar-se trabalhos que devem explorar a questão mais profundamente, tanto sobre medicamentos, quanto sobre plantas medicinais. Recomenda-se a leitura desse artigo para seguimento e estudos futuros.

'Epigenetic' changes from cigarette smoke may be first step in lung cancer development

Date: September 11, 2017

Source: Johns Hopkins Medicine

Summary:

Scientists say they have preliminary evidence in laboratory-grown, human airway cells that a condensed form of cigarette smoke triggers so-called 'epigenetic' changes in the cells consistent with the earliest steps toward lung cancer development.

An illustration of how cigarette smoke triggers epigenetic changes in airway cells.

Credit: Jennifer Fairman

Scientists at the Johns Hopkins Kimmel Cancer Center say they have preliminary evidence in laboratory-grown, human airway cells that a condensed form of cigarette smoke triggers so-called "epigenetic" changes in the cells consistent with the earliest steps toward lung cancer development.

Epigenetic processes are essentially switches that control a gene's potentially heritable levels of protein production but without involving changes to underlying structure of a gene's DNA. One example of such an epigenetic change is methylation -- when cells add tiny methyl chemical groups to a beginning region of a gene's DNA sequence, often silencing the gene's activation.

"Our study suggests that epigenetic changes to cells treated with cigarette smoke sensitize airway cells to genetic mutations known to cause lung cancers," says Stephen Baylin, M.D., the Virginia and D.K. Ludwig Professor for Cancer Research and professor of oncology at the Johns Hopkins Kimmel Cancer Center. Details of the scientists' experiments are described in the Sept. 11 issue of Cancer Cell.

For two decades, scientists have known some of the genetic culprits that drive lung cancer growth, including mutations in a gene called KRAS, which are present in one-third of patients with smoking-related lung cancers, according to Baylin. Genetic and epigenetic changes also occur when normal cells undergo chronic stress, such as the repeated irritation and inflammation caused by decades of exposure to cigarette smoke and its contents.

Baylin and Johns Hopkins scientist Michelle Vaz, Ph.D., first author on the study, suspected that the interplay of epigenetic and genetic changes may occur when normal lung cells develop into cancer, but, Baylin says, the timing of such changes was unknown.

To create the effect of tobacco smoke on cells, Vaz, Baylin and their colleagues began their studies with human bronchial cells, which line the airways of the lungs, and grew them in a laboratory. Every day for 15 months, the scientists bathed the cells with a liquid form of cigarette smoke, which they say is comparable to smoking one to two packs of cigarettes daily.

The scientists recorded the molecular and genetic changes in the smoke-exposed cells over 10 to 15 months, which the scientists say may be similar to 20 to 30 years of smoking, and compared the changes to bronchial cells that had not been exposed to the liquid smoke.

After 10 days of smoke exposure, the scientists found an overall increase in DNA damage responses to so-called reactive oxygen species within the cells. Reactive oxygen species, also called free radicals, are chemicals that typically contain oxygen, are known to be found in cigarette smoke, and cause DNA damage in cells.

Between 10 days and three months, the cells exposed to smoke had a two- to four-fold increase in the amount of an enzyme called EZH2, which works to dampen the expression of genes. Baylin and other scientists have shown that EZH2 and its effects can precede abnormal DNA methylation in gene start sites.

After EZH2 enzymes rise, their levels taper off, and then, the scientists found two to three-fold increases in a protein called DNMT1, which maintains DNA methylation in the "start" location of a variety of tumor suppressor genes that normally suppress cell growth. When these genes are silenced a barrier is removed that might otherwise stop the cells from growing uncontrollably -- a hallmark of cancer.

A host of other genes, which control many other cellular processes do not show such abnormal DNA methylation after smoke exposure.

Baylin says certain genes that control cell growth get turned down periodically during certain stages of life, including embryogenesis, when organisms are growing and developing rapidly. These genes can normally be turned on when cells need to stop growth and allow cells to mature. Chronic cigarette smoke exposure, as noted in many human cancers, tends to block these cell maturation genes from properly turning on, says Baylin.

At the end of six months, the amount of EZH2 and DNMT1 enzymes had tapered off in the cells exposed to the smoke. However, the impact of the two methylation-regulating enzymes was still seen at 10 to 15 months, when scientists found decreased expression of hundreds of genes -- many of which are key tumor suppressor genes such as BMP3, SFRP2 and GATA4 -- in the smoke-exposed cells and a five- or-more-fold increase in the signaling of the KRAS oncogene that is known to be mutated in smoking-related lung cancers.

However, no mutations were found in the KRAS gene itself or the tumor suppressor genes during the 15-month period of cigarette smoke exposure. These abnormally methylated and silenced genes, says Baylin, would have blocked the increase in KRAS signaling if the genes had been properly activated under smoke-free circumstances.

The scientists also found that the timing of epigenetic and genetic events may be key to lung cancer development. They tested this by inserting mutations into the KRAS gene in the DNA of cells exposed to the cigarette smoke condensate for six months as well as those exposed for 15 months. The scientists found that the inserted mutation transformed cells into cancer in only the 15-month cells, where methylation was fully established, but not in the six-month-exposed cells.

Vaz and Baylin say the results suggest that early epigenetic changes triggered by chronic cigarette smoke exposure can build up over time and make the airway cells increasingly sensitive to responding to mutations that initiate cancer.

They say that smokers can best lower their risk of cancer by quitting altogether, and the sooner a smoker quits, the lower their lung cancer risk may be. Their analysis of data in previous studies done by The Cancer Genome Atlas group have shown that the types of abnormal methylation levels they found are lower in smokers who have quit for more than 10 years than those who have not quit.

It may be possible to use de-methylating drugs, they say, for people with higher than normal risk for lung cancer, such as people who have had surgery for early forms of the disease. Such drugs are currently used in clinical trials for certain types of cancer and are standard therapy for a type of pre-leukemia condition.

The scientists caution that their model, as is the case with any laboratory model, may not be exactly what occurs in people during a lengthy period of smoking, but they say it's a first step in understanding the epigenetic processes that may occur early in the transformation of cells into lung cancer.

The scientists also do not know if their model applies to people who smoke e-cigarettes or other forms of tobacco, as their study used condensates typically found in traditional cigarettes.

Story Source:

Materials provided by Johns Hopkins Medicine. Note: Content may be edited for style and length.

Journal Reference:

Michelle Vaz, Stephen Y. Hwang, Ioannis Kagiampakis, Jillian Phallen, Ashwini Patil, Heather M. O'Hagan, Lauren Murphy, Cynthia A. Zahnow, Edward Gabrielson, Victor E. Velculescu, Hariharan P. Easwaran, Stephen B. Baylin. Chronic Cigarette Smoke-Induced Epigenomic Changes Precede Sensitization of Bronchial Epithelial Cells to Single-Step Transformation by KRAS Mutations. Cancer Cell, 2017; 32 (3): 360 DOI: 10.1016/j.ccell.2017.08.006

Cite This Page:

Johns Hopkins Medicine. "'Epigenetic' changes from cigarette smoke may be first step in lung cancer development." ScienceDaily. ScienceDaily, 11 September 2017. <www.sciencedaily.com/releases/2017/09/170911122714.htm>.

Acertos, erros e limites dos métodos de pesquisa (Agência FAPESP)

21 de julho de 2017

Maria Fernanda Ziegler | Agência FAPESP – Criatividade e conhecimento da metodologia de pesquisa nas Ciências Sociais foram temas destacados por Elizabeth Silva, professora titular de Sociologia na Faculdade de Artes e Ciências Sociais da Open University, no Reino Unido, durante a Escola São Paulo de Ciência Avançada em Metodologia em Ciências Humanas, realizada na Universidade Estadual de Campinas (Unicamp) com apoio da FAPESP.

“Não sou contra o uso de nenhum método. Podem ser usadas abordagens qualitativas de grupos focais, entrevistas, etnografias e explorações visuais, ou métodos de pesquisa quantitativa. Isso vai depender de cada projeto de pesquisa. Mas o importante é que o cientista social tenha consciência dos limites do método que utiliza”, disse a pesquisadora que proferiu a palestra inaugural da Escola que se encerrou em 21 de julho.

O objetivo da Escola foi de fornecer subsídios para que os participantes – 100 alunos da área de Ciências Humanas vindos de diversas partes do mundo – possam acompanhar os avanços do ponto de vista metodológico nas Humanidades e Ciências Sociais. Pesquisas na área têm aliado técnicas computacionais, digitalização de acervos artísticos e análise de dados à observação de fenômenos e tendências investigados.

Para Silva, é importante fazer esse contraponto. Independentemente das técnicas computacionais ou da metodologia, a importância está no questionamento a ser feito e no contexto da investigação.

“O método é capaz de criar mundos sociais, uma visão de vida social e de dinâmica social específica. É preciso que o cientista social tenha a consciência disso e dos limites de cada método. Em um mundo social extremamente complexo, quanto mais variada a abordagem metodológica da investigação, mais completa e mais confiáveis podem ser os resultados e as explicações”, disse.

Segundo ela, em uma investigação é importante analisar vários ângulos para se compreender o objeto de estudo. “Os métodos representam diferentes perspectivas, mas a mistura também traz complicações. É preciso entender o que cada método faz. Um grupo focal tem seus problemas. Uma entrevista individual ou um questionário têm outros. Cada um gera um tipo de realidade. Precisamos então de criatividade para buscar o conhecimento”, disse.

Silva ressalta, no entanto, o risco de se prender demais à metodologia de pesquisa. “É claro que método é importantíssimo, mas não podemos abusar criando ‘metodolatria’”, disse.

Silva graduou-se em 1973 e fez mestrado em Ciência Política (1982) na Universidade de São Paulo (USP) e doutorado, com apoio da FAPESP, no Imperial College of Science and Tecnology, em Londres. Depois do doutorado, retornou ao Brasil para lecionar na Unicamp, em 1989. Em seguida, foi pesquisadora visitante na Harvard University e lecionou na Brown University, nos Estados Unidos. Trabalhou por sete anos no Departamento de Sociologia na University of Leeds, no Reino Unido, e há 17 anos está na Open University, onde é professora titular do Departamento de Sociologia e diretora do Centre for Citizenship, Identities and Governance (CCIG).

Desconhecimento e erro

Silva conduziu uma pesquisa com outros colegas britânicos sobre gostos culturais no Reino Unido, realizada no Centre for Research on Socio-Cultural Change (CreSC), parceria entre a Open University e a University of Manchester. Um estudo parecido deve ser realizado futuramente no Brasil, no qual ela atuaria como consultora.

Com base no estudo sobre a organização de práticas culturais na Grã-Bretanha contemporânea, Silva e colegas avaliaram um dos mais importantes textos da sociologia moderna, La distinction, de Pierre Bourdieu.

O resultado está no livro Culture, Class, Distinction, com reavaliações das relações entre classe, gênero e etnia e gostos culturais na música, cinema, televisão, literatura e consumo de artes, além de práticas esportivas e culinárias.

Na palestra realizada na Unicamp, Silva falou aos alunos da Escola São Paulo de Ciência Avançada sobre erros de compreensão e outros equívocos percebidos na checagem de informações do estudo realizado no Reino Unido.

Os pesquisadores verificaram, por exemplo, que a inclusão no questionário do termo "film noir” – subgênero de filme enfocando a dramatização de crimes com tons sexualizados e cínicos –, por exemplo, foi muitas vezes interpretado pelos respondentes como um gênero de filmes mal compreendido, por sua associação com "alta cultura". Isto, segundo ela, mostra o complexo sistema de classificação de gêneros culturais, e a possibilidade de um questionário ser mal interpretado e poder levar a erros em uma pesquisa.

“Cada método tem suas implicações e todos os métodos podem conter acertos, mas também erros”, disse. Ela ressalta que o reconhecimento do erro faz parte do processo de pesquisa, pois só reconhecendo o problema será possível corrigi-lo e verificar que tipo de mundo social seria construído se o mesmo não tivesse sido corrigido, e as implicações que os erros têm sobre as interpretações feitas.

“A sabedoria sobre o erro, e sobre as implicações dos métodos que se usa, é fundamental para a criatividade do processo de investigação. É preciso ficar constantemente em revisão, perguntando como o uso daquele método contém concepções sobre a realidade social e as relações entre pessoas e espaços que afetam os dados de pesquisa e o entendimento sobre a vida social”, disse. 

Link:

http://agencia.fapesp.br/acertos_erros_e_limites_dos_metodos_de_pesquisa/25714/

Honeybee memories: Another piece of the Alzheimer's puzzle?

Researchers show a molecular mechanism that regulates memory specificity over time, and point to how understanding memory in honeybees could help us combat degenerative brain diseases

Date: December 8, 2016

Source: Frontiers

Summary: 

The honeybee can form complex memories through processes much like those happening in human brains. This study shows that DNA methylation is one molecular mechanism that regulates memory specificity and re-learning, and as such, could control how experiences are integrated over a lifetime.

Link:

https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161208125919.htm

Bactérias do intestino podem ser gatilho para o diabetes tipo 1

20 de julho de 2016

Karina Toledo | Agência FAPESP – Estudos recentes têm mostrado que portadores de diabetes frequentemente apresentam um desequilíbrio entre as bactérias benéficas e as patogênicas que compõem a microbiota intestinal – condição conhecida como disbiose, potencialmente maléfica ao organismo. Não está claro, contudo, se isso é uma das causas ou uma consequência dessa doença metabólica.

Novas evidências publicadas por pesquisadores brasileiros no Journal of Experimental Medicine sugerem que, quando bactérias intestinais conseguem escapar para os gânglios linfáticos localizados próximos ao pâncreas – devido a alterações de permeabilidade da parede do intestino causadas pelo processo de disbiose –, elas podem ativar certos receptores existentes em células do sistema imune inato (primeira linha de defesa do organismo), particularmente nos macrófagos e nas células dendríticas.

Segundo os autores, essa ativação induziria uma condição pró-inflamatória no organismo e favoreceria o desenvolvimento de uma resposta imunológica direcionada (adaptativa) às células beta produtoras de insulina no pâncreas – processo que resulta no chamado diabetes tipo 1 ou autoimune.

“A fase final de desenvolvimento do diabetes tipo 1 já é bem compreendida. Sabe-se que o sistema imune, em um dado momento, passa a considerar as células beta do pâncreas como algo estranho ao organismo. Consequentemente, células específicas conhecidas como linfócitos T são ativadas e anticorpos são produzidos para destruir as produtoras de insulina. Porém, ainda não está claro quais são os gatilhos acionados no sistema imune inato para induzir a resposta imune adaptativa. Neste estudo, mostramos que há envolvimento de um receptor intracelular chamado NOD2”, contou Daniela Carlos, pesquisadora da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, da Universidade de São Paulo (FMRP-USP), e coordenadora da pesquisa apoiada pela FAPESP.

As conclusões apresentadas no artigo são baseadas em experimentos com camundongos realizados durante o mestrado de Frederico R. C. Costa, sob orientação de Daniela e com a colaboração do professor da FMRP-USP João Santana Silva.

Nos ensaios, o grupo observou que camundongos modificados geneticamente para não expressar a proteína NOD2 eram resistentes ao desenvolvimento do diabetes tipo 1 mesmo quando desafiados com um estímulo químico.

“Para induzir diabetes em roedores sadios no laboratório é administrada uma droga chamada estreptozotocina, que é tóxica para as células beta do pâncreas. A morte dessas células funciona como um sinal inflamatório e outras células de defesa são ativadas e recrutadas para o local, reconhecem e atacam as células beta produtoras de insulina. Os animais recebem a substância durante cinco dias consecutivos e, após 15 dias, já estão diabéticos”, explicou Daniela.

A confirmação da doença é realizada por meio de testes como glicemia de jejum, tolerância à glicose e à insulina. Todos esses parâmetros clínicos, porém, se mantiveram inalterados nos animais que receberam estreptozotocina, mas não expressavam NOD2.

O perfil do suspeito

Conforme explicou Daniela, o papel desse receptor já está bem descrito na literatura científica. NOD2 está presente nas células de defesa e do epitélio intestinal, com a função de reconhecer um dos componentes bacterianos, o MDP (dipeptídeo muramil). Quando ativado, o receptor induz uma sinalização intracelular que resulta na expressão de peptídeos antimicrobianos e citocinas inflamatórias, como a interleucina 1 beta (IL-1β), a interleucina 6 (IL-6) e a interleucina 23 (IL-23) – substâncias envolvidas na ativação e migração de células de defesa para o intestino. Dessa maneira, NOD2 desempenha um papel essencial na imunidade local e sistêmica, mantendo a integridade da barreira intestinal e controlando a translocação bacteriana do lúmen (cavidade interna do intestino) para a mucosa.

“Decidimos investigar a participação da proteína NOD2 na patogênese do diabetes tipo 1 porque estudos anteriores descreveram a associação entre uma microbiota alterada e o desenvolvimento do diabetes autoimune em humanos e em modelos experimentais. No entanto, os mecanismos pelos quais as bactérias intestinais levam à patologia continuavam obscuros. Nesse contexto, o receptor NOD2, importante por auxiliar na manutenção da homeostase intestinal, apareceu como um alvo-chave a ser estudado”, explicou Daniela.

De acordo com a pesquisadora, todos os autoantígenos (próprios do organismo) estão constantemente sendo apresentados aos linfócitos T por células do sistema imune inato. Normalmente, isso acontece em um contexto “tolerogênico”, ou seja, o sistema imune inato sinaliza, por meio da interleucina10 (IL-10), para que os linfócitos T assumam um perfil regulador (imunossupressor).

No entanto, segundo a teoria do grupo de Ribeirão Preto, quando componentes bacterianos ativam o receptor NOD2 em células dendríticas e macrófagos, as citocinas inflamatórias liberadas induzem um ambiente inflamatório, ou seja, os linfócitos T passam a receber um sinal diferente e se convertem em células patogênicas, capazes de reconhecer e atacar as células beta produtoras de insulina.

Conforme já mencionado, é preciso haver também a morte celular das células beta pancreáticas e a subsequente liberação de autoantígenos para criar o contexto inflamatório. No animal de laboratório, a morte celular é induzida pela estreptozotocina. Em humanos, segundo Daniela, a causa pode ser um fator ambiental, como, por exemplo, uma infecção viral.

Validação

Para validar a importância dos receptores NOD2 na patogênese do diabetes tipo 1 e confirmar a participação das bactérias intestinais em sua ativação, um segundo experimento foi feito com camundongos.

Desta vez, um grupo de roedores teve a microbiota intestinal reduzida com o uso de um potente coquetel de antibióticos. Ao ser desafiado com a administração de estreptozotocina, o grupo mostrou-se resistente ao desenvolvimento da doença, mesmo sendo capaz de expressar NOD2. Para os pesquisadores, isso está relacionado com a eliminação de bactérias nos linfonodos pancreáticos.

Já um outro conjunto de animais também teve a microbiota intestinal reduzida, mas recebeu, além de estreptozotocina, injeções de MDP – molécula encontrada em várias bactérias e capaz de ativar NOD2. Nesse caso, os animais tornaram-se diabéticos.

“Esses resultados confirmam, portanto, que existe alguma bactéria reconhecida via NOD2 nos linfonodos pancreáticos que está envolvida no desenvolvimento do diabetes tipo 1. Não conseguimos descobrir qual exatamente é a espécie bacteriana, mas agora pretendemos realizar uma análise metagenômica mais abrangente para tentar identificá-la”, disse Daniela.

Segundo a pesquisadora, com base nessas evidências, o próximo passo será testar algumas intervenções preventivas ou terapêuticas, como a modulação da microbiota intestinal por meio de compostos probióticos e prebióticos, ou a inibição do receptor NOD2 com drogas farmacológicas.

Os resultados publicados no Journal of Experimental Medicine também foram apresentados por Daniela durante o FAPESP/EU-LIFE Symposium on Cancer Genomics, Inflammation & Immunity. O evento realizado entre os dias 7 e 9 de junho, na sede da FAPESP, teve como objetivo fomentar a colaboração entre cientistas do Estado de São Paulo e da Europa.

O artigo Gut microbiota translocation to the pancreatic lymph nodes triggers NOD2 activation and contributes to T1D onset (doi: 10.1084/jem.20150744) pode ser lido em jem.rupress.org/content/213/7/1223.abstract. 

I

lhota pancreática com reduzida marcação de insulina do grupo de roedores tratados com STZ, antibiótico e MDP, mostrando o processo de destruição contra as células beta produtoras de insulina (Imagem: Divulgação)Link:

Link:

http://agencia.fapesp.br/bacterias_do_intestino_podem_ser_gatilho_para_o_diabetes_tipo_1/23601/

SBPC pede a Alckmin que não desative e nem venda fazendas de pesquisas científicas

Em carta ao governador de São Paulo, a presidente da SBPC alerta que somente com políticas públicas que priorizam o setor de CT&I, além da educação, será possível superar crises e retomar o caminho da estabilidade econômica e do desenvolvimento social sustentável

A presidente da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC), Helena Nader, encaminhou nesta segunda-feira, 18, uma carta ao governador de São Paulo, Geraldo Alckmin, pedindo que o governo paulista abandone a iniciativa de desativar e vender fazendas dedicadas à pesquisa científica e tecnológica localizadas em diversos municípios do interior do Estado. “É uma atitude que nos preocupa bastante”, alerta a biomédica.

Segundo a presidente da SBPC, os resultados com essas pesquisas, ao longo da história, apresentaram impactos marcantes no desenvolvimento econômico de São Paulo. Ela lembra que o Estado de São Paulo é o principal centro de pesquisas científicas e tecnológicas do País e que, graças ao planejamento e investimentos que vêm sendo executados desde o final do século XIX, com a implementação do Instituto Agronômico de Campinas, o Estado foi pioneiro na realização de pesquisas agrícolas.

Na carta, Nader diz que reconhece o esforço para o equilíbrio das contas públicas, diante da recessão econômica, mas frisa que os ajustes fiscais não devem prejudicar o investimento contínuo e permanente no desenvolvimento científico. “Somente com políticas públicas que priorizam o setor de CT&I, além da educação, poderemos superar esta e outras crises, e retomar o caminho da estabilidade econômica e do desenvolvimento social sustentável”, afirma.

Veja a carta aqui.

Internet network theory used to decipher the first epigenetic communication network

Date: January 28, 2016 

Source: Centro Nacional de Investigaciones Oncologicas (CNIO) 

Summary: 

One of the big questions for which there is still no clear answer in biology is how, based on the four universal letters that make up DNA, it is possible to generate such different organisms as a fly or a human, or the different organs and tissues they comprise. In recent years, researchers have discovered that the system is much more complicated than was originally thought. The letters are important, but histones and nucleotide chemical modifications can make up genetic instructions to reinterpret the information contained in the DNA. Reinterpretation of genetic instructions can lead to the development, for example, of an eye or the pancreas in the embryo. Alterations of this make up of the DNA code can also be linked to pathological processes and to the appearance of diseases, such as cancer.

See more at:

http://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160128133032.htm

Tecnologia salva ave com dificuldade de se alimentar

Por Da Redação - agenusp@usp.br

Publicado em 24/setembro/2015

Ivete Fortunato, da Assessoria de Imprensa da FMVZ

imprensa.fmvz@usp.br

Pesquisador da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ) da USP conseguiu devolver a um tucano-de-bico-verde (Ramphastos dicolurus) a capacidade de se alimentar normalmente, ao fixar no bico do animal uma prótese feita a partir de uma impressora 3D.

Após a fixação da prótese, o tucano passou a se alimentar normalmente

A ave apresentava uma deformidade no bico superior que dificultava a sua alimentação. No final de agosto, em procedimento coordenado pelo doutorando Roberto Fecchio, do Departamento de Cirurgia da FMVZ, a prótese 3D foi fixada com resina no bico afetado do tucano. Poucas horas após o procedimento, o animal já estava se alimentando normalmente. A ave foi apreendida pela Polícia Florestal no início de 2013 e encaminhada ao Centro de Pesquisa, Triagem e Reabilitação de Animais Selvagens (CPTRAS) da FMVZ.

O processo todo envolveu a moldagem do bico com gesso dentário, confecção de réplica em 3D, a partir da qual foi feita a simulação da prótese e em seguida a sua “impressão” 3D. Segundo Fecchio, “o material utilizado foi o ácido polilático (PLA), um polímero derivado do milho”. Com a prótese pronta e o animal preparado, continua ele, “realizei a cirurgia, fixando a prótese com resinas odontológicas especiais e o resultado foi satisfatório”. Fecchio começou a utilizar esta técnica este ano e já comemora seu terceiro caso de sucesso.

Isolamento

Segundo o professor Ricardo José Garcia Pereira, Coordenador do CPTRAS, “O tucano desperdiçava alimento, pois não conseguia manipular direito os diferentes itens de sua dieta e precisava ficar isolado para não ter de concorrer com outras aves em condições normais. A deformidade também era empecilho na sua destinação para outras instituições”, conta. “Com o bico reconstruído a ave ainda está em fase de adaptação, mas já é possível observar melhora em seu comportamento alimentar.”

Outra grande vantagem, segundo Pereira, é que isso melhora suas possibilidades de encaminhamento para zoológicos ou criadores legalizados. Para o docente, “a utilização das impressoras 3D para a confecção de próteses de bico oferece uma grande vantagem em relação ao modo artesanal, pois torna mais acessível a fabricação de moldes particularizados.”

Imagens em 3D do processo de modelagem. A utilização das impressoras 3D para a confecção de próteses de bico oferece vantagem em relação ao modo artesanal

Segundo o professor Marco Antonio Gioso, orientador de Fecchio, a técnica de próteses de bico com o uso de resina é utilizada na FMVZ há 15 anos. Vários tipos vêm sendo utilizados na reconstrução também de carapaças de tartaruga, cascos de cavalo e em todas as partes dos animais que têm queratina. “As próteses são presas na parte avariada com o uso de cola cirúrgica, ou mesmo cola instantânea. Também podem ser presas fisicamente com grampos ou fios de aço”, descreve. O resultado da junção da peça é um desafio, explica ele, “pois depende da adaptação do animal e da resistência da área reconstruída. “A eficácia da utilização de impressora 3D na confecção de moldes ou peças é relativamente nova e os resultados precisam ser estudados”, pondera.

O CPTRAS

O CPTRAS, que foi vinculado à FMVZ em 2013 e está localizado em Cubatão/SP. No momento abriga 35 animais entre araras, tucanos e passarinhos; a maioria provenientes de apreensões. Segundo Pereira, é comum os animais chegarem debilitados ou com algumas lesões. “Os que chegam por apreensão geralmente se encontram malnutridos, estressados, machucados e com plumagem danificada em decorrência da superlotação nos cativeiros clandestinos. Já os animais resgatados chegam com lesões graves como mutilações, fraturas e problemas neurológicos, devido a atropelamentos, ou com queimaduras causadas por acidentes na rede elétrica.

Ao chegar ao CPTRAS os animais são avaliados quanto às suas condições físicas e chances de destinação para programas de reabilitação/reintrodução ou permanência. Também são vermifugados, recebem alimentação, tratamentos (quando necessários) e ficam em locais apropriados para auxiliar na sua recuperação. Os animais recuperados são destinados a instituições públicas, como zoológicos, ou privadas, como mantenedores de fauna licenciados. No caso de animais ameaçados de extinção, exemplares viáveis são encaminhados a projetos de reintrodução na natureza. O coordenador do Centro espera que agora o tucano recuperado seja destinado a algum zoológico ou criador.

Fotos: cedidas pelo pesquisador

Mais informações: rfecchio@usp.br

Link:

http://www.usp.br/agen/?p=220880

Artigos e matérias sobre acesso aberto (Portal de Periódicos Fiocruz)

Acesso aberto, transparência e qualidade das informações dos ensaios clínicos

Acesso livre

Acesso livre e repositórios institucionais (edição temática)

Editores científicos debatem acesso aberto e internacionalização

Editores discutem desafios da divulgação científica em redes sociais

Editorial da revista Trabalho, Educação e Saúde (vol.13 n.2, maio-ago/2015)

HCSM junta-se ao coro contra o ataque de Jeffrey Beall ao SciELO

Institutional journals as an alternative model for open access

Lei de acesso à informação, privacidade e a pesquisa em saúde

Memórias and the Journal Citation Reports

O risco do acesso aberto ficar atrelado às editoras comerciais existentes – a necessidade de um sistema global de publicações acadêmicas de acesso aberto não comercial

Open Access in Latin America: a paragon for the rest of the world

Repositórios institucionais de acesso aberto à informação científica: proposta de modelo de avaliação

SciELO Saúde Pública: o desempenho dos Cadernos de Saúde Pública e da Revista de Saúde Pública

Uma proposta de reuso da informação técnico-científica em saúde em repositórios institucionais: a experiência do Icict/Fiocruz

Um passo à frente na política de acesso aberto de CSP: instrumentos de aferição

Visibilidade dos repositórios institucionais brasileiros: análise de diretórios internacionais de acesso aberto

Nobel de Medicina de 2015, um tributo à química de produtos naturais e às pesquisas sobre doenças negligenciadas (jcnoticias.jornaldaciencia.org.br)

Edições / 5276, 6 de outubro de 2015 / 

Artigo de Vanderlan Bolzani, diretora da Agência UNESP de Inovação e vice-presidente da SBPC

Ontem, quando li as primeiras notícias sobre o Prêmio Nobel de Medicina 2015, não pude conter a emoção e a alegria pela informação extraordinária: os produtos naturais e os medicamentos planejados para o tratamento de doenças negligenciadas foram as pesquisas laureadas com a maior premiação mundial outorgada a um cientista.

O prêmio é uma excelente demonstração do reconhecimento da Academia Sueca para a pesquisa destes cientistas, diferente daquelas em geral, concedidas a um Nobel. Youyou Tu – química farmacêutica e médica, professora da Universidade do Centro de Ciências Médicas da Universidade de Pequim, na China – foi laureada pelas suas investigações sobre Artemisia annua (Asteraceae), planta medicinal milenar chinesa e das propriedades antimalárica da artemisinina (qinghaosu), uma lactona sesquiterpênica e de seus derivados; William C. Campbell, parasitologista, pesquisador emérito na Universidade de Drew, Madison, nos EUA, e Satoshi Omura, químico bio-orgânico, professor na Universidade de Kitasato, Japão, pelas pesquisas sobre avermectina, produto natural da classe das lactonas macrocíclicas e derivados sintéticos, produzidas pela fermentação deStreptomyces avermitilis, bacteria da classe dos actinomycetos.

O fato interessa muito à ciência feita no Brasil, e em especial aos pesquisadores que fazem investigação em química de produtos naturais, farmacologia e medicina, cuja tendência natural é seguir as em evidências no mundo central.

Semana passada, publiquei um texto sobre o ranking de classificação de 192 universidades brasileiras (RUF Folha) enfatizando a questão do papel da pesquisa fundamental de excelência e da inovação, em geral medida pelos produtos que poderão ser originados do conhecimento de pesquisa.

A premiação deste ano nos leva a refletir, por exemplo, sobre o estado-da-arte das pesquisas de bioprospecção de produtos naturais e sobre a diversidade químico-biológica da megabiodiversidade brasileira, considerada um laboratório altamente sofisticado de produtos naturais, fonte valiosa de fármacos e de outros bioprodutos para o bem estar humano.

Um olhar sobre as trajetórias acadêmicas dos três agraciados demonstram que, mesmo sem os holofotes habituais aos cientistas destacados para serem prêmios Nobel (os atuais ganhadores têm índice h em torno de 30), suas pesquisas revelam a importância cientifica e social e, ao mesmo tempo, unem o encanto e a beleza da química de produtos naturais ao sonho da descoberta de medicamentos para a saúde humana – sem muito interesse das grandes indústrias farmacêuticas, por tratarem fármacos para doenças negligenciadas, em geral pouco rentáveis.

As investigações mostram uma vida de dedicação destes cientistas ao desenvolvimento de novos medicamentos para combater malária e outras verminoses que acometem mais de um bilhão de pessoas em todo o mundo, especialmente entre as populações carentes dos países pobres, com altas taxas de mortalidade de crianças. Doenças causadas por parasitas acompanham a espécie humana por milênios, constituem um grave problema de saúde global e representam, hoje, um enorme desafio para a melhoria da saúde das populações que vivem nas regiões com alta concentração de pobreza que, com a globalização e ciclos migratórios intensos, torna-se, portanto, um problema sério para o mundo central.

O mais extraordinário, ainda, do Nobel de Medicina 2015 é colocar no cenário mais ambicionado pela academia mundial a química de produtos naturais. A artemisinina e a avermectina são as estrelas do momento, mas são apenas dois exemplos da imensa diversidade da química da natureza, uma fonte inesgotável de inspiração acadêmica e tecnológica para a criação humana. Os metabólitos secundários, ou produtos naturais, se destacam pela incomensurável contribuição que têm dado aos avanços da síntese orgânica moderna e da química medicinal, cujas aplicações infinitas marcaram definitivamente a história da humanidade, com destaque para os medicamentos, materiais de higiene, cosméticos, defensivos agrícolas, fragrâncias. Sem contabilizar os tradicionais exemplos de substância que marcaram a história humana como morfina, reserpina, codeína, quinina, vincristina, vimblastina e os nossos curares, há evidencias de que 77% dos fármacos antibacterianos são produtos naturais ou derivados semissintéticos. Similarmente, 53% dos medicamentos anticancerígenos, 80% dos antivirais e 100% dos imunossupressores têm alguma origem ou inspiração nos produtos naturais de plantas, organismos marinhos, microrganismos e insetos.

Os produtos naturais avermectina e artemisinina podem ser moléculas carreadoras de estímulos e incentivos às pesquisas com produtos naturais no País, em especial para as novas gerações de cientistas, tendo em conta nossa imensa biodiversidade e a vocação histórica de eminentes cientistas que criaram a química de produtos naturais moderna do Brasil.

O que falta então para que a descoberta de novos fármacos antimaláricos e antiparasitários mais eficazes e menos tóxicos sejam descobertos na nossa biodiversidade? Eis a questão!

Link:

http://jcnoticias.jornaldaciencia.org.br/25-nobel-de-quimica-de-medicina-de-2015-um-tributo-a-quimica-de-produtos-naturais-e-as-pesquisas-sobre-doencas-negligenciadas/

Projeto Making Data Count incentiva compartilhamento de dados de pesquisa

October 1, 2015 12:44 SciELO

O compartilhamento em acesso aberto de dados de pesquisa legível por máquina (machine-readable data) vem atraindo a atenção da comunidade acadêmica, agências de fomento, empresas e da sociedade civil desde 2013, ano em que foi publicado um relatório sobre seu potencial impacto científico, financeiro e para o setor produtivo.

Desde então, tem havido significativos avanços nas discussões sobre as questões tecnológicas, metodológicas, éticas e práticas do compartilhamento de dados. Um periódico científico de acesso aberto e arbitrado por pares – Scientific Data – foi lançado pelo Nature Publishing Group (NPG) para publicar exclusivamente conjuntos de dados (datasets) de pesquisa. Um artigo recente publicado neste periódico se refere à iniciativa Making Data Count1, que objetiva promover o compartilhamento de dados e – principalmente – seu reconhecimento como produção científica passível de citação, bem como aferir métricas de impacto científico destes dados.

Um dos caminhos para incentivar a produção e publicação de dados é o estabelecimento de métricas para avaliar sua significância e impacto, uma vez que o impacto constitui a moeda do mundo acadêmico. A academia utiliza tradicionalmente métricas baseadas em citações, porém mais recentemente, métricas alternativas baseadas nas referências aos artigos nas mídias sociais (‘altmetrics’) proveem avaliação em curto prazo após a publicação, além de diversificar as formas de medir impacto. Vários grupos vêm realizando estudos sobre métricas tradicionais, alternativas e inovadoras para dados de pesquisa.

Making Data Count é resultado da colaboração entre a California Digital Library (CDL), a Public Library of Science (PLoS) e a Data Observation Network for Earth (DataONE), que visa não apenas definir, porém implementar um conjunto de métricas para dados de pesquisa. A homepage da iniciativa afirma “O compartilhamento de dados é demorado e os pesquisadores precisam de incentivos para a realização do trabalho extra. Métricas para dados irão fornecer feedback sobre o uso, visualização e impacto de dados, que irão ajudar a incentivar os cientistas a compartilhar os seus dados. Este projeto irá explorar e testar as métricas (métricas a nível de dados) para coletar de atividade relacionada a dados de pesquisa”.

A criação de Making Data Count foi precedida de uma pesquisa online realizada em novembro e dezembro de 2014, da qual participaram 247 pesquisadores e 73 administradores de repositórios. A maioria dos pesquisadores (78%) pertencia a instituições acadêmicas localizadas nos EUA (57%) e Reino Unido (14%). Entre os administradores, 64% eram de repositórios acadêmicos e 22% de repositórios geridos por governos nos EUA (72%) e Reino Unido (11%).

As questões propostas incluíram a proporção de dados compartilhados pelos autores, onde buscar dados públicos para reutilização, frequência de uso de dados de outros autores, comportamento frente a informação de quem reutiliza seus dados, interesse no impacto dos próprios dados, e quais métricas os repositórios que abrigam seus dados usa/disponibiliza.

Quanto à forma de compartilhar dados, os pesquisadores informaram com frequência atender a requisições pessoais, via e-mail, por exemplo. As desvantagens desta prática vão da possível negativa em atender ao pedido à impossibilidade de medir o impacto de sua utilização. Felizmente, 75% dos entrevistados informaram compartilhar parte dos seus dados através de repositórios especificamente criados para esta finalidade.

No que se refere à procura por dados para reutilização, a maioria dos entrevistados informou realizar buscas em várias fontes, incluindo artigos de periódicos, bases de dados, buscadores da Internet, mídias sociais e fóruns de discussão dentro de suas comunidades.

Os dados abertos são utilizados com certa frequência em alguma etapa do processo de desenvolvimento de um projeto de pesquisa segundo 96% dos respondentes. Os dados são usados pelos pesquisadores em extensão comparável nas várias etapas da pesquisa, e 70% relata utilizá-los para chegar à principal conclusão. Estes fatos ressaltam a importância dos dados abertos na forma como a pesquisa é realizada atualmente.

Os pesquisadores que compartilham seus dados abertos têm interesse em saber quem os utiliza e para qual finalidade. Os repositórios satisfazem parte deste interesse; cerca da metade requisita informação de contato detalhada (nome, instituição e e-mail) enquanto a outra metade não coleta nenhuma informação. Referente à disponibilização de dados que envolvem confidencialidade, os repositórios requerem dos usuários identificação detalhada, ao passo que o acesso facilitado aos dados os torna mais propensos a serem utilizados. A título de compromisso, os repositórios podem solicitar dos usuários a área de conhecimento na qual pretendem usar os dados abertos, o que permite aos administradores saber onde os dados estão sendo utilizados ao mesmo tempo que preserva a confidencialidade dos usuários.

Métricas a nível de dados abertos interessa potencialmente a gestores, agências de fomento e aos pesquisadores que geraram os dados. A maioria dos pesquisadores (85%) e administradores de repositórios (61%) entrevistados destacam citações como a métrica de maior prestígio, seguido por medidas de download, e por último, visualizações, consistente com o que se observa com métricas de artigos e periódicos. Por último, os administradores relataram quais métricas seus repositórios acompanham e disponibilizam. A quase totalidade acompanha downloads e a maioria visualizações, porém menos da metade mostra estes resultados. Uma pequena percentagem (cerca de 20%) acompanha citações a conjuntos de dados individuais ou a repositórios, de maneira geral, a despeito de seu prestígio, presumivelmente pela dificuldade em obtê-los.

Pesquisadores, principalmente os acadêmicos, valorizam citações, porém sua utilidade para dados abertos é limitada, uma vez que datasets são raramente citados. A maioria deles, entretanto, considera que “citação formal seria uma condição justa para o compartilhamento de dados”1.

A complexa questão do crédito dos dados de pesquisa foi recentemente reunida no documento Joint Declaration of Data Citation Principles (DC1), elaborado pelo grupo de trabalho internacional FORCE11 e anteriormente relatado neste blog2. Até o momento, a Declaração foi assinada por 94 repositórios, publishers, e instituições acadêmicas de prestígio. Considerando os princípios do DC1, a iniciativa Making Data Count recomenda que seja encorajada a citação formal dos dados abertos, além da coleta e disponibilização de medidas de download, mais fáceis de obter e disponibilizar, e que gozam de certa reputação entre pesquisadores. Por último, porém não menos importante é a contabilização de métricas a nível de artigo e métricas alternativas baseadas embookmarks e mídias sociais como Mendeley, CiteULike, Facebook, Twitter e outros.

Espera-se, desta forma, que o quantificar do impacto de dados abertos para aumentar sua disponibilização e uso pelos pesquisadores, seja atendida por iniciativas como Making Data Counte outras a seguir.

Notas

1. KRATZ, J. E. and STRASSER, C. Making data count. Scientific Data. 2015, nº150039 [online]. DOI: http://dx..org/10.1038/sdata.2015.39

2. SPINAK, E. Princípios para citar dados científicos. SciELO em Perspectiva. [viewed18 September 2015]. Available from: http://blog.scielo.org/blog/2015/01/15/principios-para-citar-dados-cientificos/

Referências

Dataset Level Metrics Subject Group. Consortia Advancing Standards in Research Administration Information (CASRAI). Available from: http://casrai.org/standards/subject-groups/dataset-level-metrics

KRATZ, J. E. and STRASSER, C. Making data count. Scientific Data. 2015, nº150039 [online]. DOI:http://dx..org/10.1038/sdata.2015.39

MARTONE, M. Joint Declaration of Data Citation Principles. FORCE11, Data Citation Synthesis Group, 2014. Available from https://www.force11.org/group/joint-declaration-data-citation-principles-final

NISO Alternative Assessment Metrics (Altmetrics) Initiative. National Information Standards Organization (NISO). Available from: http://www.niso.org/topics/tl/altmetrics_initiative/

RDA/WDS Publishing Data Bibliometrics WG Case Statement. Research Data Alliance. Available from: http://rd-alliance.org/group/rdawds-publishing-data-bibliometrics-wg/case-statement/rdawds-publishing-data-bibliometrics-wg

SCIENTIFIC ELECTRONIC LIBRARY ONLINE. Movimento Open Data se consolida internacionalmente. SciELO em Perspectiva. [viewed 18 September 2015]. Available from:http://blog.scielo.org/blog/2014/07/14/movimento-open-data-se-consolida-internacionalmente/

SPINAK, E. and PACKER, A. Scientific Data: Nature Publishing Group avança a comunicação de dados científicos com nova publicação online em acesso aberto. SciELO em Perspectiva. [viewed 18 September 2015]. Available from: http://blog.scielo.org/blog/2014/02/04/scientific-data-nature-publishing-group-avanca-a-comunicacao-de-dados-cientificos-com-nova-publicacao-online-em-acesso-aberto/

SPINAK, E. Dados Abertos: informação líquida, democracia, inovação… os tempos estão mudando. SciELO em Perspectiva. [viewed 18 September 2015]. Available from:http://blog.scielo.org/blog/2013/11/18/dados-abertos-informacao-liquida-democracia-inovacao-os-tempos-estao-mudando/

SPINAK, E. Intercâmbio de dados de pesquisa continua baixo e aumenta lentamente. SciELO em Perspectiva. [viewed 18 September 2015]. Available from:http://blog.scielo.org/blog/2014/11/12/intercambio-de-dados-de-pesquisa-continua-baixo-e-aumenta-lentamente/

SPINAK, E. Princípios para citar dados científicos. SciELO em Perspectiva. [viewed 18 September 2015]. Available from: http://blog.scielo.org/blog/2015/01/15/principios-para-citar-dados-cientificos/

SPINAK, E. Semana Internacional dos Dados Abertos – o que há de novo?. SciELO em Perspectiva. [viewed 18 September 2015]. Available from:http://blog.scielo.org/blog/2015/01/07/semana-internacional-dos-dados-abertos-o-que-ha-de-novo/

Links Externos

Altmetric – <http://www.altmetric.com/>

Making Data Count: Project to develop Data-Level Metrics – <http://mdc.lagotto.io/>

Scientific Data – <http://www.nature.com/sdata/>

Como citar este post [ISO 690/2010]:

SCIENTIFIC ELECTRONIC LIBRARY ONLINE. Projeto Making Data Count incentiva compartilhamento de dados de pesquisa. SciELO em Perspectiva. [viewed 04 October 2015]. Available from: http://blog.scielo.org/blog/2015/10/01/projeto-making-data-count-incentiva-compartilhamento-de-dados-de-pesquisa/

Link:

http://blog.scielo.org/blog/2015/10/01/projeto-making-data-count-incentiva-compartilhamento-de-dados-de-pesquisa/

Formação de profissionais em saúde: o papel dos formadores - Victoria Ma...

No dia 16 de setembro, a Vice-Direção de Ensino da ENSP promoveu mais um evento da série 'Encontros sobre Ensino', tendo como tema 'Formação de profissionais em saúde - o papel dos formadores'. A atividade recebeu para palestra Victoria Maria Brant Ribeiro, doutora em educação e professora do Núcleo de Tecnologia Educacional para a Saúde (Nutes/UFRJ) e teve como debatedor convidado o pesquisador da ENSP José Inácio Jardim Motta.

Data: 16/9/2015

Local: Salão internacional da ENSP

Produção: Núcleo Audiovisual da Coordenação de Comunicação Social (CCI/ENSP)

A estruturação da ciência e do consumo na medicina: Luiz Vianna Sobrinho...

No mês de junho de junho de 2015, a ENSP promoveu três mesas-redondas no intuito de debater as seguintes questões: ‘Que medicina é essa? Saúde para quem?’. Os encontros foram fundamentados nas ideias apresentadas no livro ‘A medicina financeira, a ética estilhaçada’, de Luiz Vianna Sobrinho, que questiona a quem realmente serve a nossa medicina e quais são os interesses que, de fato, determinam as decisões na área da saúde; e analisa o conflito surgido com a implantação repentina do programa Mais Médicos, entre o Governo Federal e as entidades de representação da classe médica, que só reforça a ideia de que o paciente talvez não seja verdadeiramente o foco da questão.

Matemática usada em análise de plantas propicia diagnóstico médico

Por Da Redação - agenusp@usp.br

Publicado em 9/junho/2015 | Editoria

Por Rui Sintra, da Assessoria de Comunicação do IFSC

Pesquisa do pós-doutorando João Batista Florindo, do Grupo de Computação Interdisciplinar do Instituto de Física de São Carlos (IFSC) da USP, utiliza imagens microscópicas para analisar tipos de cisto bucal, patologia derivada de processos inflamatórios.

Identificação do cisto é fundamental para aplicação do tratamento adequado

A identificação do cisto, que pode ser radicular ou queratocisto, é fundamental para aplicação do tratamento adequado. A técnica de análise de imagem aplicada pelo pesquisador alcançou precisão sensivelmente melhor do que o diagnóstico obtido por outras técnicas automatizadas.

O pesquisador já utilizava esse método para a verificação de plantas, na qual executava um corte na folha de uma determinada espécie de vegetal para observar as suas estruturas complexas através das imagens ampliadas.

Durante o período em que realizou parte de seu pós-doutorado, no Oral Pathology Unit, da School of Dentistry, da University of Birmingham, Reino Unido, sob orientação do professor Gabriel Landini, Florindo arriscou aplicar — só por mera experiência — essa mesma técnica aplicada nas plantas no diagnóstico de cistos bucais.

A exemplo do que ocorre nas plantas, o método permitiu observar a forma como as células da pele se distribuem pelo tecido da área afetada e isso acabou por determinar o tipo de lesão envolvido. “É importante saber qual o tipo de cisto que o indivíduo tem, para determinar o tratamento adequado”, explica o pesquisador.

Análise por camadas

De acordo com Florindo, o tecido humano é formado por várias camadas e, com isso, além de analisar a posição das células, ele teve contato com métodos desenvolvidos pelo professor Landini, que focavam em uma análise por camadas, em vez da abordagem tradicional que leva em conta apenas as células individualmente.

“Decidi regressar às experiências com plantas e, por intermédio das técnicas utilizadas, observei que nelas também era possível analisar as camadas, ou seja, dessa vez, o método de imagem utilizado na pele foi aplicado na planta. Aplicamos a mesma abordagem do tecido humano na análise das plantas, fortalecendo essa simbiose entre imagem médica e vegetal e deu certo”, diz ele.

Além das imagens de cistos, Florindo se dedicada ao desenvolvimento de novas técnicas para análise de plantas. Neste momento, ele trabalha com descritores fractais, um método que permitirá conhecer uma espécie de planta a partir de um banco de dados que apresenta um vasto número de espécies vegetais. Essa técnica, que envolve matemática avançada e Inteligência Artificial (sistemas “treinados” para exercerem determinadas funções, simulando o raciocínio humano), transforma a imagem em um conjunto de números.

Segundo o pesquisador, essa metodologia à base de descritores fractais também poderá ser utilizada tanto na análise de plantas quanto no diagnóstico de cistos e muitas outras patologias, como tumores malignos.

“A literatura reporta o uso de ferramentas semelhantes de análise de imagens microscópicas na busca por possíveis padrões irregulares. Há indícios de que tais padrões poderiam estar relacionados com conjuntos de células que apresentam maiores potenciais para gerarem o câncer, de acordo com a forma como essas células se replicam”, explica ele, cuja meta final será aplicar o método para um diagnóstico mais preciso, que permita, assim, a aplicação de um tratamento que regrida a evolução do cisto bucal, por meio de imagens microscópicas.

Foto: Divulgação / IFSC

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